Настройка во время выполнения

Поведение этих функций зависит от установок в php.ini.

Mcrypt configuration options

Name	Default	Changeable	Changelog
mcrypt.algorithms_dir	NULL	PHP_INI_ALL	Available since PHP 4.0.2.
mcrypt.modes_dir	NULL	PHP_INI_ALL	Available since PHP 4.0.2.

Для подробного описания констант PHP_INI_*, обратитесь к документации функции ini_set().